县交通运输局设5个内设机构：综合办公室、计财股、安全股、党建办、监察室。

（一）综合办公室（政工）

组织协调局机关日常工作；起草重要报告、工作总结和综合性文件；负责文秘、信息、保密、档案、综合工作、组织办理人大建议和政协提案，协助局领导协调各股室工作；负责局机关安全保卫、车辆调度、计划生育、食宿等行政后勤管理工作。

负责全县交通运输行业精神文明建设及本单位的妇女和青年工作；负责局机关干部人事和按规定管理直属单位领导班子工作，承办考察、考核、任免、奖惩局机关和下属单位在管理权限内的领导及工作人员；负责局机关和下属事业单位的机构编制、人事、劳动工资、社会保险、离退休人员管理服务等工作。

（二）计财股

负责指导、监督全局财务会计工作；组织制订有关规单制度并监督执行；负责局机关和下属事业单位国有资产管理和交通投、融资管理；负责局机关的各项经费支出和会计档案工作；负责交通运输系统的财务收支和经济效益的审计工作，协助查出各类违反财经纪律案件，会同有关部门抓好下属事业单位法人代表的经济责任审计工作；负责汇总上报本单位的财务会计报表及其他各类报表工作；及时处理好业务范围内的各项工作，并做好局领导安排的临时性工作。

（三）安全法制股（加挂双牌县交通战备办公室牌子）

监管全县水上交通安全，并指导交通专业运输企业安全生产工作；组织实施国家有关交通安全法规、政策和规章，制定有关地方性交通安全措施和具体实施方案；参与交通系统较大事故的调查处理工作，开展安全生产检查；组织全县交通安全管理人员学习和培训，协助搞好春运安全工作；负责管理和指导交通行业的法制建设；负责交通行业的法律、法规政策咨询、法制宣传，本级行政复议与应诉工作；负责交通行政执法监督检查工作。负责交通战备工作，参与交通战备建设项目的勘察、设计、审定和竣工验收工作。

（四）党建办

负责指导全局党建方面的工作；负责组织、指导局机关和下属事业单位党支部开展相关工作。

（五）监察室

  负责贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责党的纪律检查、行政监察和党风廉政建设工作；负责执法监察、"两权"监督和纠风工作；负责信访举报调查、违法违纪案件查处工作。