县交通运输局下属机构3个：县地方海事局、县交通运输管理所、县公路管理站。

1、双牌县地方海事局。为副科级全额拨款事业，参照公路员法管理单位。主要职责：贯彻执行国家有关水上交通安全的法律、法规、规章，制定具体的管理规定，并监督有关单位遵照执行；对船舶进行注册登记，签发船舶国籍证书、船舶登记证书、船舶登记执照，确认船舶所有权和批准悬挂中华人民共和国国旗航行权；监督检查船舶技术状况，航行情况，装载状态和应备各类证书的有效性，监督船舶的人员配备和货物装载，对进出口港口的船舶实行签证管理；审查船员资格，签发船员职务委托证书和船员服务薄；维护水上交通秩序，对主要港口的进出航道和重要水域实行交通管制，统一发布航行通告和航行警告，监督码头、浮筒的安全状况；审批、管理沉船货物的打捞、清除，对威胁航行安全的障碍物体进行强行清除；监督航道水深和助航标志的状况，使之有效地为船舶航行安全服务；调查调解船舶发生的水上交通事故，查明事故发生的原因，判明责任防止船舶污染水域；按国家规定收取船舶检验费及证照工本费，负责辖区内海事，船检业务的统计上报；承办上级交办的其他业务。

2、双牌县交通运输管理所。为股级全额拨款事业单位。主要职责是：宣传贯彻执行国家和省、市有关运输行业管理的法律、法规、规章和方针政策；在县局及上级运管部门的领导下，负责对全县客货运输业（包括班线客运、旅游客运、农村客运、危险货运、普通货运、站场经营、汽车维修行业等）的经营许可和运输业、运输相关业务的筹建立项和开、歇、停业以及异动变更申请的审核和行政许可；负责全县客货运力的宏观调控，客货营运站场的规划和管理，公交、出租车规划的实施和新增车辆的审批，调整公交线路、站点的许可审批；负责对取得经营许可的运输企业、经营者核发：经营许可证、营运证、客运线路（旅游）标志牌、出租车驾驶员服务卡和出租车营运标志顶灯等营运证件；负责完成各级人民政府下达的抢险、救灾、战备等指令性任务中运输工具的落实和调度，会同有关部门共同抓好节日运输；做好运输市场的调查研究和预测、统计，制订本县运输行业发展规划、参与站、场枢纽规划建设；按委托权限负责征收有关政府基金和行政事业规费；负责道路运输市场的监督检查。依法纠正、处罚违规行为，调解运输纠纷，受理顾客投诉，维护运输经营者和有关当事人的合法权益。

3、双牌县公路管理站。为股级全额拨款事业单位。主要职责是：贯彻执行国家有关公路建设、养护和管理的方针、政策、法律法规，负责编制和实施县乡公路的发展规划；负责县、乡、村公路建设的测量、设计、施工工作；负责县乡公路养护管理工作；负责拖养费征收工作；负责县乡公路路政管理工作；负责县乡公路建养统计工作；承办上级主管部门交办的其它事宜。