宁远县水利局设8个内设机构，机关党委按有关规定设置。

1.办公室

主要职能：协助局领导组织机关日常运转工作，对各股室工作进行综合协调；负责对局党组局务会重要决策和工作部署的督办和检查；承办文秘、文电、政策调研、政务信息、保密、保卫、文书档案、信访维稳、接待和新闻发布工作；负责机关内部规章制度建设;负责水利科技资料管理。负责做好取水许可；开发建设项目水土保持方案审批；县河道管理范围内工程建设方案审批；河道采砂许可；水工程防洪规划审批；洪泛区、蓄滞洪区内非防洪建设项目审批；填堵城市河道沟叉、贮水湖塘洼淀和废除原有防洪围堤审批；蓄洪区避洪设施建设审批；水库大坝注册登记；水利基建项目初步设计文件审批。

2、人事与科教股

主要职能：负责局机关及直属单位的机构编制、人事、劳动工资、教育培训、保险福利及离退休人员管理工作；负责专业技术干部技术职称评聘和工人技术等级考核等有关工作；负责全县水利体制改革和全县水利队伍建设工作；负责局机关及直属单位的组织工作和宣传思想工作；组织实施全县水利科学技术教育发展规划；承办科教兴水工作；承办重大水利科学研究与技术推广工作；负责水利行业知识产权保护工作。

3、规划计划与财务股

主要职能：拟定全县水利发展规划、中长期规划和年度投资建设计划；牵头组织相关职能股室开展水利工程规划、设计、审查等前期工作并汇总上报；牵头组织县级负责的水利工程的审查和提出审查意见；负责全县水利综合统计工作；编制水利部门预算；指导水利行业的财务、会计管理；研究提出有关水利的价格、信贷等经济调节意见；对水利资金的使用进行宏观调控；对水利系统的国有资产进行监督管理；负责局机关并指导局直属单位的财务工作。

4、水资源与水土保持股（县节约用水办公室）

主要职能：负责全县水资源统一管理和保护；组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证制度；负责全县城市供水的水资源保护规划和全县节约用水工作；组织拟定全县水长期供求规划、水量分配方案；组织、指导水利设施、水域的堤防工程的管理与保护；指导全县水土保持重点工程实施和生态清洁小流域建设；对全县水文工作实施宏观指导。承担全县水土流失综合防治工作；组织并监督实施水土保持规划；组织水土流失调查、动态监测、预报；审核权限内有关开发建设项目水土保持方案并监督实施；组织开展水土保持科学研究。

5、建设与运行管理监督股

主要职能：负责全县水利工程建设与监督运行管理；负责全县水库、水闸、江河堤防与城市防洪工程的建设管理；指导水利建设市场的监督管理工作；负责水库工程运行维护的项目上报、实施与验收工作。承担水能资源的监督管理工作。

6、农村水利水电股

主要职能：组织开展中型灌排工程建设与改造。负责指导和监管全县农村饮水安全工程建设管理工作。指导节水灌溉有关工作。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。

7、水库移民股

主要职能：负责中型水库移民管理工作，组织编制中型水库移民安置规划和后期扶持规划并组织实施，指导监督中型水库的移民搬迁安置和后期扶持工作。组织实施中型水库移民安置验收和监测评估制度。按规定管理中型水库移民资金。

8、安全法制股（信访维稳办公室）。

主要职能：指导并监管全县水利行业安全生产工作；负责水法律法规的贯彻实施；拟定全县水利法制建设规划；组织指导全县水政监察和水行政执法工作；负责实施水利工程建设的安全生产监督，组织或参与水利安全事故的调查处理，调处水事纠纷；承办局水利行政诉讼、行政复议和水利行业普法宣传教育工作；指导水库、水电站大坝等水利工程的安全监管工作。